Archeologické nálezy na území dnešného Libanonu poukazujú na osídlenie už v staršej dobe kamennej. Neolitická revolúcia prebehla na tomto území niečo vyše 10 000 rokov pred Kristom. Okolo roku 3000 pred Kr. prišli do tejto oblasti Kanaánci. V tomto období bola známa ako Fenícia. Vykopávky datujúce sa do tohto obdobia pochádzajú z mesta Byblos, ktoré malo kontakty aj s Egyptom. Mesto bolo zničené požiarom okolo roku 2150 pred Kr., pravdepodobne súvisiacim s inváziou Amoritov, ktorí však mesto neskôr obnovili. V 18. storočí pred Kr. bola vláda Amoritov zničená Hyksósmi, ktorí na istý čas ovládli aj Egypt.
Z diplomatickej korešpondencie nájdenej v egyptskej Tell el-Amarne vyplýva, že časť územia dnešného Libanonu bola v 14. st. pred Kr. pod správou Egypta. Za Ramsesa III. Egypt stratil kontrolu nad týmto územím a pri stále slabnúcej sile Egypta už túto nikdy neobnovil. Feničania sa nikdy nezjednotili pod jednotnú vládu, pretože natoľko samostatné a odlišné mestá nebolo možné spojiť(patrili sem silné mestá ako Tyros, Byblos, Sidon)
V 2. tisícročí pred Kr. začali Feničania rozširovať svoj vplyv zakladaním kolónií v oblasti Stredomoria. (napr. Tel-Aviv ) Fenické osídlenie na Cypre sa datuje od 9. storočia pred Kr. V neskorších storočiach založili kolónie na Malte, Sicílii, Sardínii, Kartágo v severnej Afrike, na Baleárskych ostrovoch a v južnom Španielsku.
V 9. až 8. storočí pred Kr. prevzali vládu nad Feničanmi asýrski panovníci. Po nich v 6. storočí pred Kr. ovládla toto územie Perzská ríša. V 4. storočí pred Kr. dobyl spomínané územie Alexander Macedónsky a vládu nad fenickými mestami prevzali macedónske dynastie. Po Alexandrovej smrti sa vlády ujali Seleukovci.
Neskôr bolo dané územie začlenené do rímskej provincie Sýria. Počas rímskej nadvlády upadol starý fenický jazyk do zabudnutia a bol nahradený aramejčinou.V tomto období boli najvýznamnejšími mestami Heliopolis (Baalbek) a Berytus (Bejrút).
V 7. storočí nášho letopočtu obnovila správu nad územím Libanonu Perzská ríša, no približne o 20 rokov bolo územie začlenené do Byzantskej ríše. Ani toto však netrvalo dlho, pretože už v roku 630 Palestínu a Libanon dobyli Arabi.
Za vlády Umajjovskej dynastie (661-750) bol Bejrút a pohorie Libanon súčasťou oblasti Damasku. Od 9. do 11. storočia ovládali pobrežie Libanonu Egyptské dynastie a severnú časť Byzantská ríša. Od 11. storočia bolo toto územie ovládnuté križiakmi a včlenené do dvoch celkov. Na severe do Kniežatstva antiochejského a na juhu do Kráľovstva jeruzalemského. Libanon prešiel pod vládu sultána Saladina dobytím Bejrútu v roku 1187. V 13. storočí sa stal súčasťou mameluckého Egypta.
Začiatkom 16. storočia sa začala rozpínať Osmanská ríša za vlády Selima I., ktorý porazil Mamelukov a začlenil do ríše oblasť dnešného Libanonu. Táto oblasť bola spravovaná z centier ako Damask, Aleppo, Sidon, Tripolis a Istanbul. V 19. storočí sa v obchodných centrách na pobreží začal upevňovať vplyv Európanov, predovšetkým Francúzov.
Počas prvej svetovej vojny sa dostal Libanon pod pevnú správu Turecka. No, na konci vojny bol okupovaný spojeneckými vojskami a od roku 1920 sa dostal pod francúzsku vojenskú správu. Počas druhej svetovej vojny, keď bolo Francúzsko obsadené nacistickým Nemeckom, prebrali kontrolu nad územím Libanonu britské a slobodné francúzske jednotky. V roku 1943 tu prebehli voľby, kedy sa prezidentom stal Bišár al-Churi ako predstaviteľ nacionalistov. Úplnú samostatnosť však dosiahla krajina až v roku 1946 po odchode francúzskych a britských vojsk.
Na území Libanonu bola vždy komplikovaná situácia. Obyvateľstvo krajiny sa člení do troch významných častí podľa náboženstva. Žijú tu Maroniti (kresťania), ale aj moslimovia – príslušníci Šiitov a Sunitov. Všetky tri skupiny vo veľkom zastúpení. V roku 1943 bol podpísaný Národný pakt, ktorý určoval pravidlá o deľbe moci v štáte. Znamenalo to, že prezidentom sa stával príslušník Maronitov, premiérom býval moslim šiita a hovorcom parlamentu bol sunnita. Uvedený systém pretrváva až do súčasnosti.
Situácia v krajine sa skomplikovala v druhej polovici 20. storočia, kedy sa s rastúcou urbanizáciou začala v mestách objavovať nová vrstva sociálne slabšieho obyvateľstva. Po vzniku Izraela sa Libanon stal domovom veľkého množstva Palestínčanov. Dá sa povedať, že každý desiaty obyvateľ Libanonu bol Palestínec. Títo sa však väčšinou radili k sociálne slabším vrstvám.
Ďalšou komplikáciou bolo pôsobenie palestínskych gerilových oddielov na území Libanonu. Po vykázaní palestínskych milícií z Jordánska v 70. rokoch sa stal Libanon ich jediným útočiskom. Situácia bola taká, že silnejúce sociálne hnutie bolo sprevádzané pôsobením palestínskych gerilových jednotiek a rôznych sektárskych milícií. Napätie vznikalo medzi dvoma hnutiami: kresťanskými Falangistami a moslimským Libanonským národným hnutím. Podnetom pre otvorený konflikt sa stalo napadnutie palestínskeho autobusu smerujúceho do utečeneckého tábora Falangistami.
Boje, ktoré nasledovali v nasledujúcich mesiacoch viedli k zničeniu oblasti trhoviska v centrálnej časti Bejrútu. Táto bola rozdelená tzv. „zelenou líniou“ na západnú časť – ovládanú moslimskými a východnú časť – ovládanú kresťanskými milíciami. Toto rozdelenie pretrvalo až do konca občianskej vojny roku 1990.
Do konfliktu sa zapojili i Sýria a Izrael a následne i mierové jednotky Organizácie spojených národov. Známou je intervencia zo strany Izraela v júni 1982, kedy izraelské vojská začali obliehať západnú časť Bejrútu. Sýrske vojská sa stiahli na východ krajiny a pod dohľadom mierových síl sa stiahli i milície Organizácie pre oslobodenie Palestíny z Libanonu.
V auguste toho istého roku bol zvolený za prezidenta Bašír Džumajjil. No necelé tri týždne po voľbách bol zavraždený pri bombovom atentáte vo veliteľstve Falangistov. Kresťanské milície to oplatili zabitím stoviek ľudí v utečeneckých táboroch a násilie pokračovalo.
V roku 1989 bol zvolený za nového prezidenta Elias Hrawi a veliteľom ozbrojených síl sa stal Emile Lahoud. Začalo sa obdobie konsolidácie štátnej moci spojené s problémom existujúcich milícii v štáte. Za definitívny koniec občianskej vojny je považovaný rok 1990. Počas tohto ozbrojeného konfliktu trvajúceho 15 rokov bolo zabitých približne 100 000 ľudí, bola zničená infraštruktúra a škody na majetku siahali do miliárd amerických dolárov.
Obdobie po roku 1990 sa nazýva obdobím „Druhej republiky“. Krajina sa v tomto čase zameriavala na obnovu infraštruktúry a na posilnenie stability. Posilnila sa pozícia Maronitov a taktiež hnutia Hizballáh, ktoré sa stalo politicky aktívnym (počas vojny fungovali predovšetkým ako šiitské milície).
Existencia „Druhej republiky“ je a bola ovplyvnená širším okolím a to predovšetkým dvoma hráčmi – Sýriou a Izraelom. Izrael po roku 1990 vytvoril na juhu Libanonu tzv. „bezpečnostnú zónu“ a svoje jednotky stiahol až v roku 2000. Na druhej strane Hizballáh, ako aktér hlavného odboja proti Izraelu v Libanone, má stále silnú podporu v krajine. Ich vzájomné nepriateľstvo pretrváva dodnes a v roku 2006 uvrhlo krajinu opäť do vojny. Hizballáh zaútočil na Izrael z južného Libanonu, zabil niekoľko Izraelských vojakov a dvoch zajal ako vojnových zajatcov. Izrael na to odpovedal operáciou, ktorá viedla k 34 dňovej vojne medzi Izraelom a Hizballáhom. Stála cez tisícku životov Libanončanov a okolo 160 životov Izraelčanov. Počas konfliktu Izrael bombardoval aj pozície Hizballáhu priamo v Bejrúte.
Osud krajiny je neustále spojený aj so Sýriou. Po roku 1990 Sýria v krajine udržovala okolo 14 000 svojich vojakov. Zavraždenie bývalého libanonského premiéra Rafika Harírího v roku 2005 viedlo k protestom a politickým zmenám, pretože počas vyšetrovania padlo podozrenie na sýrsku vládu. To viedlo k úplnému odsunu sýrskych vojsk z Libanonu. K formálnemu obnoveniu sýrsko-libanonských diplomatických vzťahov došlo až v roku 2008.
Politicko-militantný Hizballáh vedie túto krásnu krajinu a životy ľudí do záhuby.