História Bahrajnu sa začala písať pred 5000 rokmi, kedy bol známy ako sumerský Dilmun. Ostrov si vyslúžil prívlastky „Posvätná zem“ alebo „Zem života“. Toto bolo pravdepodobne spôsobené kontrastom, ktorý vyvolával zelený ostrov oproti pustatine neďalekého Arabského polotrova.
Úrodný ostrov sa stal možno inšpiráciou pre obraz bájnej záhrady Eden. Čo je však isté, že Bahrajn bol významným obchodným centrom po nasledujúce tisícročia. V nadvláde nad ostrovom sa vystriedali postupne Babylončania, Asýrčania, Gréci, Rimania, Peržania, Portugalci a Briti.
Od 16. do 18. storočia sa stal bahrajn predmetom sporov medzi Portugalskom a Perziou. Obe mocnosti o osrov bojovali a začleňovali si ho do svojej správy.
Koncom osemnásteho storočia miestne arabské kmene vymanili Bahrajn spod nadvlády Perzie, no už začiatkom devätnásteho storočia sa stal súčasťou Britského impéria.Vládnuci šejk sa delil o moc s britským poradcom. K moci sa dostala dynastia al- Chalífa, ktorá je na čele Bahrajnu dodnes.
V roku 1931 ako prvý spomedzi arabských štátov začal bahrajn s ťažbou ropy.
V roku 1968 začali Briti s plánom odsunu svojej armády z oblasti Perzského zálivu. Ešte toho istého roku sa pripojil Bahrajn ku Kataru a súčasným Spojeným arabským emirátom. Nakoniec sa však ukázalo, že záujmy Kataru a Bahrajnu sa odlišovali od záujmov ostatných malých vládcov a z federácie vystúpili.
Úplnú nezávislosť výhlásil Bahrajn 15. augusta 1971. Bola podpísaná dohoda o priateľstve s Veľkou Britániou a Bahrajn sa stal členom Arabskej ligy a Spoločenstva národov. V roku 1972 bolo vo voľbách zvolené nové Ústavodarné zhromaždenie a nasledujúceho roku bola prijatá aj nová ústava. Následne sa uskutočnili voľby do Národného zhromaždenia.
Šejk Hamad Ibn Isa al- Chalífa je na čele krajiny od roku 1999. Tento vládca dal ženám volebné právo a uzákonil parlamentné voľby. S nástupom jeho vlády boli prepustení politickí väzni v krajine.
